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 技术服务>生物信息学 |
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| SynaTate™（MGRC） |
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应用举例见下：
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臭名昭著的基因保护肿瘤细胞对抗化疗
一般上，AEG-1(astrocyte elevated gene-1)主要是负责肿瘤细胞的生长和转移。然而，弗吉尼亚州立邦联大学研究人员最新的研究发现，此臭名昭著的基因同时也辅助癌细胞对抗化疗的影响。
这项最新研究显示，AEG-1基因特殊的分子机制能力能抵抗化疗，这有助于增加癌症细胞的存活性。在癌症后期，AEG-1基因的的表达将提升。因此，它对癌症发展的调节和转移扮演着重要的角色。
透过生物信息学技术的发展，研究人员相信通过抑制AEG-1基因的表达，能研发全新技术以治疗癌症的有效途径。研究人员现在也开始探讨AEG-1如何促进肿瘤抵抗化疗及提高癌细胞的存活性。有了这些知识，他们将能够设计实验，旨在通过针对AEG-1蛋白质功能区域的关闭。这也可以被用在分子模拟研究以设计线索，可以抑制这种基因及其调控途径，从而研发及提高抗癌药物对抗肿瘤。
SynaTate™ 是一个由MGRC公司设计的免费生物信息学工具以诠释新一代测序数据。使用此程序对照NR的蛋白数据库证实该蛋白编码区（CDS）是位于第一个阅读框架内。当对照Swissprot的蛋白数据库则发现AEG- 1最接近LYRIC蛋白质。LYRIC蛋白质已被确认会诱导肿瘤细胞的扩张和转移以及对抗化疗。
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操作说明如下：
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第一步骤
点击 此, 然后点此  . 点击图片放大
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第二步骤
结果清楚地显示该区域位于第一个向前阅读框内。
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第三步骤
要了解其功能，请通过按住鼠标左键并拖动选择它的整个地区(如图所示)。在该选择范围内右击将弹出一个菜单，此时您应该点击'搜索核苷酸序列'。
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第四步骤
在SynaSearch下面的链接内，选择'核苷酸-蛋白质'作为您的查询类型，并选择您的目标SynaBASE为'SwissProt UPKB'。选择'提交查询'。
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第五步骤
该SynaSearch网页结果显示，前三个结果与LYRIC蛋白质匹配。由此可看出，LYRIC蛋白质是不同生物体共同的保守区域，其与小家鼠有91％相同。研究人员可以通过进一步调查LYRIC蛋白质的基因关闭，从而找到新的治疗方案，以设计新的机制和药物对抗癌症。
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第六步骤
若要检索序列比对，请点击评分。
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